El Servicio de Atención a la Diversidad forma parte de la Viceconsejería de Educación, Universidades y Formación Profesional, en la Dirección General de Innovación y Ordenación Educativa Junto al Servicio de Ordenación Académica y al Centro Riojano de Innovación y Asesoramiento Educativo (CRIE). Además de las funciones generales, desarrolla específicamente las siguientes según el Decreto 53/2023, de 14 de julio, por el que se establece la estructura orgánica de la Consejería de Educación y Empleo:
Asimismo, el Servicio de Atención a la Diversidad, gestiona y coordina varios Programas de Cooperación Territoral entre los que destacan el PROA+ FSE+, el Programa de Cooperación Territorial de Educación Inclusiva y el Programa de Cooperación Territorial de Bienestar Emocional.