Este eje establece tres programas dirigidos a la conservación de los espacios naturales protegidos, de la flora y de la fauna silvestre.
- El Programa de conservación de espacios naturales protegidos tiene como objetivo proteger las zonas con mayor valor, interés o fragilidad. Para ello se plantea la constitución de la Red Regional de Espacios Naturales Protegidos de La Rioja. Al mismo tiempo, se contemplan actuaciones como la gestión de los sistemas forestales incluidos en estos espacios, ayudas para particulares y entidades comprometidas con la gestión sostenible de estas zonas y la consolidación de inversiones en equipamientos e infraestructuras.
- El Programa de conservación de flora silvestre y hábitat de interés faunístico tiene una triple finalidad : conservar y recuperar las especies de flora silvestre presentes en La Rioja, así como su hábitat, y reducir las causas que amenazan su existencia. Entre las actuaciones previstas destaca la aprobación de los Planes de Recuperación de las tres especies de flora catalogadas en peligro de extinción" (grosellero de roca, androsela riojana y laurel de Portugal); la regulación del inventario de Árboles Singulares de La Rioja; o el impulso de la conservación de recursos genéticos de nuestra flora silvestre.
- El Programa de conservación de la fauna silvestre y hábitat de interés faunístico persigue garantizar la protección de las especies, sus poblaciones y su hábitat específicos. Para ello propone actualizar el Catálogo Regional de Especies Amenazadas, desarrollar los planes de recuperación, realizar un inventario de hábitats de interés faunístico, potenciar el Centro de Recuperación de Fauna Silvestre de La Fombera y seguir con las actuaciones de protección de otras especies (cernícalo primilla, cigüeña blanca, murciélago, aguilucho cenizo, sisón común y buitre leonado).