El pez fraile es una especie que utiliza los tramos bajos de ríos con corriente y fondos de grava y bloques de piedra donde los machos ubican los nidos. Aparece además en balsas de riego y lagunas con sustratos que les aporten refugio y sitios de puesta como diques de piedra, rocas o escolleras.
Los adultos son solitarios y territoriales y, aunque se trata de una especie escasa, los ejemplares suelen aparecer agregados en zonas del río con buenas condiciones. Los juveniles son más gregrarios y en ocasiones buscan refugio en lugares con vegetación sumergida.
En La Rioja los tramos bajos de los ríos occidentales, el Tirón y Najerilla, y los del Ebro en La Rioja Alta son lo que albergan hábitats óptimos para la especie.