a) Distribución restringida y poblaciones reducidas
La especie aparece en poblaciones muy localizadas y dispersas en las cuencas que ocupa lo que la hace vulnerable a los cambios, además a nivel peninsular se ha constatado una clara regresión que incide sobre su escasa distribución.
b) Alteración del hábitat
Los tramos bajos de los ríos que ocupa sufren impactos mayores que otras partes del río al discurrir por entornos muy humanizados. Entre otras alteraciones está la destrucción de los fondos por dragados y encauzamientos, el impacto de presas, las detracciones de agua para usos agrícolas o la contaminación fluvial.
c) Aumento de peces exóticos
Otra amenaza para su supervivencia es la progresiva presencia de peces exóticos introducidos. Especialmente grave es la presencia de especies predadoras como percas y siluros. La rarefacción del pez fraile en el tramo bajo del Ebro de La Rioja ha coincidido con el gran aumento de peces predadores como el siluro.