El desmán viven en cauces con agua todo el año, en especial en cabeceras de ríos de montaña. Su alimento es más frecuente en aquellos con materiales gruesos en el fondo como bloques de roca o cantos. Además requiere orillas que puedan albergar refugios subterráneos, una cámara sencilla que apenas se aleja unos metros del cauce.
Los adultos son fieles a un territorio de algunos cientos de metros. Sus hábitos les hacen vulnerables a alteraciones del cauce que disminuyan sus presas y a cambios que dificulten el acceso a la orilla o impidan la construcción de los nidos.
En La Rioja el hábitat óptimo se encuentra en las cabeceras de los ríos occidentales del Sistema Ibérico donde los cauces están mejor conservados y los caudales son más constantes.