Las poblaciones de desmán sufren en toda su área de distribución un proceso generalizado de declive por la alteración de los ecosistemas fluviales especialmente de los caudales. A nivel regional se han identificado una serie de amenazas que están afectando en distinto grado.
a) Ganadería
Gran parte de los tramos que habita son especialmente frágiles por su pequeño tamaño. En esta situación el pisoteo y los excrementos del ganado en los arroyos contribuye a altera la calidad del agua y la estructura del cauce, restando alimento y refugio. La estabulación continua junto a los cauces llega a provocar cambios muy desfavorables en el hábitat de la especie.
b) Aprovechamiento hidroeléctrico
La derivación de caudales de las centrales hidroeléctricas provoca la desaparición de amplios tramos de hábitats apropiados. Algunos azudes y presas, por su altura, suponen barreras infranqueables que fragmentan poblaciones. Por otra parte, los canales que llevan el agua a las turbinas son un riesgo potencial al atraer a los ejemplares que se dispersan.
c) Detracciones de caudal
A las detracciones de minicentrales hay que añadir las que se dan para riegos de huertas y praderas. Especialmente en verano la demanda en algunos arroyos puede ser tan alta queden secos largos tramos perdiéndose buenos hábitats para la especie.
d) Mantenimiento de carreteras y pista forestales
El movimiento de tierras junto a los ríos movilizan materiales finos que van a parar al cauce a través de la escorrentía superficial. La colmatación de los fondos por esta causa hace desaparecer los invertebrados de los que se alimenta el desmán.
e) Otras actividades
Las cuencas con aprovechamientos forestales de turno corto, como choperas, suelen tener cauces con deficiente estado de conservación para el desmán (predominio de materiales finos, exceso de materia orgánica, etc.). Los incendios también ocasionan importantes alteraciones en la escorrentía y degradación de los cauces que usa el desmán.