Hasta llegar al acuerdo de financiación de julio de 2002, acuerdo fundamental en el impulso definitivo del soterramiento en Logroño, fueron necesarias determinadas decisiones políticas y técnicas imprescindibles:
- En 1988 se elaboraron los primeros estudios de alternativas con el objetivo de realizar una primera propuesta técnica de pasillo ferroviario.
- En 1992 se iniciaron los contactos con el Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo y se diseñó un primer Programa Económico Financiero en el que el Gobierno de La Rioja y Ayuntamiento de Logroño contribuirían con un 40% cada uno por un 20% de la Administración Central.
- En 1994 el Ministerio de Obras Públicas realiza un planteamiento de integración del ferrocarril en Logroño según el llamado "modelo Palencia" de mantenimiento de la trinchera del ferrocarril en su actual rasante, con estación en superficie a la altura de la C/República Argentina.
- En 1997, fruto del desconcierto popular por el planteamiento del Ministerio de Obras Públicas, el Alcalde de Logroño, José Luis Bermejo, plantea a los ciudadanos una consulta pública sobre el modelo de integración (rasante actual o soterramiento) que culmina con la elección de la propuesta "B" de soterramiento de las vias y andenes por debajo de la rasante actual y trinchera cubierta.
- Aquella propuesta de soterramiento sirvió para elaborar las bases del futuro PERI Ferrocarril y tenía las siguientes características:
- Mantenimiento del trazado ferroviario
- Depresión de las vías desde el paso peatonal de Gonzalo de Berceo/camino de Fuenmayor (500 m. a cada lado) y desde Gral. Vara de Rey hasta el río Iregua
- Cubrimiento de la trinchera en su totalidad
- Enlace de Eliseo Pinedo con Pedregales
- Enlace Avda. de Colón con Gustavo Adolfo Bécquer
- Conexión de Gonzalo de Berceo con el camino de Fuenmayor
- Eliminación de la Estación de Mercancías
- Nueva estación de viajeros con edificio en superficie y cinco vías y dos andenes cubiertos.
- Aprovechamiento urbanístico de 90.000 m2 según determinaciones del P.G.O.U.
- Entre los años 1998 y 2002 se llevan a cabo dos importantes actuaciones previas que son necesarias para la posterior ejecución del soterramiento: el traslado de la estación de mercancías existente en Logroño al Polígono Industrial El Sequero, donde se construyó una nueva, con el objetivo de liberar espacios en la zona de actuación del soterramiento. Por otro lado, el Ministerio de Fomento procedió en 2002 a la supresión del paso a nivel de El Cortijo, eliminando definitivamente el único paso a nivel ecistente en la ciudad de Logroño.
- El 27 de abril de 1999 se firma el primer convenio a tres partes (Fomento, Gobierno de La Rioja y Ayuntamiento de Logroño) una vez detectada la "coincidencia en los objetivos de integración" de las tres administraciones por lo que se plantea una "actuación coordinada". En ese convenio se establece que Fomento redacte el Estudio Informativo y contrate el proyecto de ejecución del soterramiento.
- El 23 de noviembre de 1999 Fomento licitó la redacción del Estudio Informativo del soterramiento; el proyecto de soterramiento estaba encauzado definitivamente.