La estación de mercancías de Logroño estaba situada junto a la de viajeros, en un emplazamiento inadecuado teniendo en cuenta la intención del soterramiento de permeabilizar la zona de Cascajos con Lobete mediante la conexión de sus calles sobre las vias soterradas.
Sobre todo como consecuencia de la culminación urbana del barrio de Cascajos, la estación de mercancías de Logroño había quedado rodeada de zonas residenciales por lo que los accesos por parte de vehículos pesados eran especialmente inadecuados.
Por lo tanto, el traslado de la estación de mercancías constituía una actuación imprescindible y necesaria desde un punto de vista técnico. Además, desde el punto de vista urbanístico, el trasladode la estación de mercancías y el levantamiento de las instalaciones actuales iba a facilitar en gran medida las actuaciones necesarias para la integración del ferrocarril a su paso por Logroño.
Por todo ello, el Gobierno de la Rioja y el Ministerio de Fomento firmaron el 28 de julio de 1998 un convenio de colaboración para el traslado de la estación de mercancías al Polígono Industrial El Sequero, donde existían terrenos disponibles ya calificados para usos ferroviarios.
La estación de marcancías de El Sequero, financiada entre el Ministerio de Fomento y el Gobierno de La Rioja, fue concebida como una plataforma logística intermodal ferrocarril/carretera para favorecer el transporte de mercancías.