El "Convenio general entre el Ministerio de Fomento, la Comunidad Autónoma de La Rioja, el Ayuntamiento de Logroño y Renfe para la integración del ferrocarril en la ciudad de Logroño" supone el impulso político definitivo al proyecto del soterramiento en Logroño. Fue firmado el 25 de julio de 2002 en Logroño por el Ministro de Fomento, Francisco Alvarez Cascos, El presidente del Gobierno de La Rioja, Pedro Sanz, Julio Revuelta como Alcalde de Logroño y Miguel Corsini como Presidente de Renfe.
En el convenio se recogen las obligaciones de cada una de las partes y se definen los objetivos básicos de la actuación:
El convenio de 2002 define las actuaciones a seguir de manera que el Ministerio de Fomento, a través de ADIF, asume el coste de la implantación de la infraestructura de alta velocidad y ejecuta las obras del soterramiento para, posteriormente, recuperar la inversión mediante la venta de los terrenos de la actual estación y playa de vías, donde está prevista la construcción de varios edificios residenciales quepodrían albergar hasta 1.125 viviendas. Si la venta de esos terrenos no cubriese el coste de las obras, el déficit de la operación deberá ser asumido, al 50%, por elGobierno de La Rioja y el Ayuntamiento de Logroño.