Los Sotos de Alfaro, pese a lo reducido de su tamaño en la actualidad, constituyen ecosistemas con gran valor ambiental. Son ambientes de transición entre el medio acuático y el terrestre y siempre que se produce esta combinación la diversidad biológica se ve enriquecida.
Estas formaciones vegetales de sotos, en climas mediterráneos, constituyen comunidades residuales de aquellos bosques caducifolios que tuvieron su esplendor en el período de tiempo comprendido entre hace 7.500 y 3.000 años. En la actualidad, dado el clima seco en el que se encuentran estas formaciones, aparecen en enclaves asociados a riberas fluviales como las del Ebro.
La ubicación de estos sotos en una zona de clima semiárido hace que constituyan un medio adecuado a la entrada de fauna y flora de climas más húmedos y norteños en este ambiente. Esta "introgresión húmeda" en el ambiente mediterráneo implica una gran riqueza de especies y una elevada diversidad biológica, además de constituirse como "islas" o refugios para especies norteñas en territorios climáticamente adversos.
Pero no sólo constituyen "islas" en lo relativo a su mayor humedad, sino que además al situarse en áreas fuertemente humanizadas, son de los pocos reductos de vegetación madura que podemos encontrar en estas zonas. Estos cursos fluviales, con su vegetación de ribera asociada, actúan de esta forma como "corredores ecológicos" que conectan espacios naturales distantes entre sí.
Los sotos debido a su situación a medio camino entre el medio acuático y terrestre, están considerados como uno de los ecosistemas más productivos. Esta productividad se ve reflejada en el gran desarrollo que la vegetación alcanza y la abundancia de poblaciones de insectos, aves y otros animales. Al igual que el ecosistema es muy productivo en condiciones naturales, cuando estos terrenos son transformados para el cultivo, ya sea de huertas o de chopos, siguen manteniendo unas tasas de productividad muy elevadas.
En esta característica de los sotos encontramos la principal causa de su transformación, ya que el hombre ha intentado continuamente poner en cultivo unas tierras tan productivas como éstas.