Los Sotos de Alfaro recibieron la declaración de Reserva Natural en la primavera del año 2001, (Decreto 29/2001, de 25 de mayo, por el que se declara la Reserva Natural de los Sotos del Ebro en Alfaro) asegurándose así la protección de este lugar y sus valores, de acuerdo a la establecido en la ya derogada Ley 4/1989, de Conservación de los Espacios Naturales y de la Fauna y Flora Silvestres.

Pero hasta llegar a este momento, se habían dado ya algunos pasos encaminados hacia su protección, al estar considerado como uno de los ecosistemas más productivos que existen en La Rioja por su peculiar situación a medio camino entre el medio acuático y el terrestre.Ya a finales de los años ochenta se incluyeron en el Plan Especial de Protección del Medio Ambiente Natural de La Rioja (PEPMAN) en la categoría de complejos de vegetación de ribera.

Su valor ambiental volvió a quedar de manifiesto cuando el Gobierno de La Rioja les reservó un lugar en la lista regional de Lugares de Interés Comunitario (LIC,s) propuestos para su inclusión en la Red Natura 2000.La aprobación en septiembre de 2000 del Plan de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN) de los Sotos de Alfaro, un instrumento de ordenación territorial para áreas como ésta, con valores naturales reconocidos, constituyó el paso previo a su declaración como Reserva Natural.

El PORN afecta a un total de 933 Has. que se subdividen en dos zonas: la Zona de Reserva Natural, formada por 476 has. que incluyen las áreas de alto valor ecológico que forman parte del "dominio del río", y la Zona Periférica de Protección, un cinturón de algo más de 457 hectáreas en torno a la Reserva cuyo uso principal es el cultivo de regadío intensivo, acompañado de otros como choperas, eriales o pequeñas construcciones y con el que se pretende, fundamentalmente, mantener los usos tradicionales agrarios y forestales y controlar otras actividades como las constructivas o las de infraestructuras que puedan influir en el frágil ecosistema de la Reserva.