a) Uso ilegal de cebos envenados
La utilización de cebos envenenados para el control ilegal de carnívoros es la mayor amenaza conocida para la especie. La habilidad de los alimoches para detectar pequeñas carroñas dispersas en sus áreas de campeo, los hace especialmente vulnerables a esta práctica.
b) Colisiones con parques eólicos y electrocuciones con tendidos eléctricos
El aumento de aerogeneradores en el medio natural ha incrementado el riesgo de colisión para aves planeadoras como el alimoche. Los tendidos eléctricos contribuyen también a aumentar el riesgo de colisión con los cables y el de electrocución al utilizar los apoyos como posaderos.
c) Reducción del alimento disponible
La alimentación del alimoche está asociada a la abundancia de pequeños vertebrados y cadáveres de ganadería extensiva. Las normas sanitarias que obligaron a la retirada del ganado muerto redujeron su alimento. No obstante, el alimoche se ha visto menos afectado que otras carroñeras al tener una dieta más amplia.
d) Molestias durante la nidificación
Los alimoches son especialmente sensibles a las molestias en los cortados de cría. El desarrollo de trabajos forestales o actividades al aire libre en las zonas cercanas a los nidos, pueden ocasionar el abandono de la nidificación cuando las molestias son reiteradas.
e) Otras causas diversas
Un factor de amenaza en aves carroñeras es la intoxicación por plomo al comer piezas de caza con restos de munición. Otro riesgo es el consumo en muladares de cadáveres de ganado con altas concentraciones de antibióticos. No obstante, alimoche está menos expuesto a estos riesgos que otras carroñeras por su diversidad de dieta y por la migración invernal.