Como consecuencia del desvío de vias ejecutado en Logroño, se genera la necesidad de trasladar las instalaciones ferroviarias afectadas por dichas obras a una nueva ubicación. Las nuevas instalaciones se ubican junto al Polígono Industrial El Sequero.
La autorización de estas obras se decidió en Consejo de Administración de LIF 2002 el 11 de diciembre de 2008. Las obras se adjudicaron por ADIF el 13 de octubre de 2008 (BOE 18/10/2008) por importe de 1.039.315 euros a favor de la empresa Coprosa. Las obras se iniciaron el 20 de noviembre de 2008 y finalziaron el 16 de mayo de 2009.
Las actuaciones más significativas han sido: