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El Archivo está construido sobre un solar, cercano a los 500 m2, sito en la calle Rodríguez de Paterna nº 24 y que fuera ocupado en origen por una casa palacio de la que únicamente se conserva su equilibrada fachada de estilo neoclásico, obra del último tercio del siglo XVIII. Esta fachada es lo único que se ha conservado de las dos casas que la familia de los Orive, regidores perpetuos de la ciudad, mandaron construir al arquitecto Valerio de Ascorbe y Beitia en la por entonces llamada calle de la Villanueva.
El edificio actual fue proyectado por los arquitectos Sáenz de Jubera Encío y Torío Piudo, concibiéndolo al exterior y en lo que a la zona de depósitos se refiere, como un contenedor cerrado sin vanos, homenaje a las antiguas arcas de tres llaves de los archivos de concejo.
El interior, al ser el edificio de nueva planta, está concebido, con criterios de funcionalidad propios de un archivo moderno. Existen tres zonas diferenciadas -depósito de fondos, salas de trabajo y despachos- que, aunque comunicadas entre sí, impiden interferencias en los circuitos de tránsito.
Consta el edificio de tres plantas en su parte pública y de cinco más sótano en la destinada a depósitos, de acceso restringido.
La zona pública se organiza en torno a un espacio central, donde se halla la conserjería y arranca la escalera principal que conecta las tres plantas citadas. En la primera planta se encuentran los despachos de dirección y secretaría y en la segunda una sala de juntas.
En la planta baja se halla la sala de investigadores y la de consultas, así como las dependencias de trabajo técnico (acceso de fondos, desinsectación, clasificación y catalogación).
La zona de depósito es una zona independiente, aunque bien comunicada con el resto de dependencias. Consta de seis plantas, incluido sótano, y está formada por 21 cámaras estancas dotadas de sistemas de seguridad (material ignífugo, barreras fotoeléctricas y detectores de humo) en las que se instalan armarios móviles sobre raíles.
La capacidad de almacenamiento es de aproximadamente 20 km.