La variante ferroviaria de El Cortijo, en Logroño, ha supuesto la única modificación de trazado realizada sobre la plataforma de la via ferréa Castejón-Bilbao a su paso por La Rioja. Culminadas las obras en el año 2003, estas se centraron en la construcción de una variante de 2,3 kilómetros de longitud incluyendo la construcción de un tunel y la supresión del paso a nivel existente.
El coste de las obras superó los 12 millones de euros y se trata de la única actuación de mejora de trazado realizada en la línea Castejón-Logroño a su paso por La Rioja.