La compañía Air Nostrum es, con el 77% del total de pasajeros, la principal operadora en el Aeropuerto de Logroño-Agoncillo. Presente desde su puesta en servicio en 2003, la compañía levantina ha transportado a 267.056 pasajeros por 27.177 pasajeros de Spanair, segunda compañía en nuestro aeropuerto (aunque sin operaciones desde 2009). La compañía Heliduero figura en tercer lugar con los 10.885 pasajeros transportados.