En 2013, las líneas del metropolitano transportaron a 695.237 pasajeros, lo que supone un 6,9% menos que en 2012, cuando los pasajeros ascendieron a 746.555. Destacan los 267.412 pasajeros de la línea M-1 Cenicero-Fuenmayor-Navarrete y los 138.282 de la línea M-4 Alberite-Albelda-Nalda.

Debe recordarse que desde el 22 de octubre de 2012 las líneas M1 y M2 funcionan unificadas como M-1 y que las líneas M-4, M-5 y M-6 dan servicio también a la localidad de Alberite. Por otro lado, en 2013 se procedió a una reducción de frecuencias en el periodo estival.