La explotación de las instalaciones de depuración se lleva a cabo mediante contratos externos con empresas especializadas. Con la finalidad de conseguir un buen nivel de servicio a un coste razonable las instalaciones se encuentran agrupadas en 5 zonas de explotación.
Cada zona incluye una planta grande (con una capacidad de tratamiento superior a 30.000 habitantes equivalentes) donde se centraliza la gestión y una buena parte de los medios técnicos. Por otro lado las plantas pequeñas pertenecientes a cada zona se benefician y comparten los medios de las instalaciones de mayor entidad. Como actividad fundamental de la explotación, desde los laboratorios de las depuradoras centrales y desde el propio laboratorio del Consorcio (situado en la EDAR de Logroño), se realiza un control sistemático de la calidad del agua tanto de entrada como de salida de todas las plantas gestionadas.