El Consorcio de Aguas y Residuos de La Rioja, esta regido por los siguientes órganos de gobierno y administración, art. 5 del Decreto 4/1998, de 23 de enero, por el que se acuerda la constitución del Consorcio de Aguas y Residuos de La Rioja y la aprobación de sus estatutos (B.O.R. nº 12 de 27 de enero de 1998).
La Asamblea General está constituida por un representante de cada una de las entidades consorciadas, designado por sus respectivos órganos competentes, con voz y voto ponderado. Igualmente, forman parte de la Asamblea con voz pero sin voto los demás miembros de la Junta de Gobierno, que no lo fueran de la Asamblea.
Los miembros de la Asamblea General serán libremente separados por las respectivas entidades que los hubieran designado, cesando necesariamente al perder la condición representativa en virtud de la que hubiesen sido designados. Actuará como Secretario de la Asamblea el que lo sea del Consorcio, con voz pero sin voto.
Está integrada por el Presidente del Consorcio y dos vocales en representación del Gobierno de La Rioja y cuatro vocales elegidos por el resto de las entidades consorciadas. El Gerente del Consorcio también forma parte de la Junta,con voz pero sin voto. Como Secretario de la Junta actúa el que lo sea del Consorcio, con voz pero sin voto.
En la actualidad la presidencia es ejercida por Dº José María Infante Olarte, en su calidad de Director General de Calidad Ambiental y Recursos Hídricos, en virtud del Decreto 47/2023, de 7 de julio, por el que se nombra Director General de Calidad Ambiental y Recursos Hídricos a don José María Infante Olarte