La Estación Depuradora de Aguas Residuales (EDAR) de Prejano trata los vertidos generados por el núcleo urbano. Está situada aguas abajo del municipio, en la margen izquierda del Río Ruesca y recibe las aguas residuales a través de un colector construido con tubería de hormigón de 272 m de longitud y 400 mm de diámetro. La planta aplica la alternativa de tratamiento de fangos activados en aireación prolongada y el agua, una vez tratada, se vierte directamente al río