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El cometido de este departamento es la investigación en las áreas de viticultura y enología. En viticultura, destaca la labor desarrollada en la preservación de material genético con un amplio banco de clones que proporciona al sector material vegetal seleccionado. El estudio de varietales minoritarias, la caracterización de suelos o la utilización de cubiertas vegetales son algunos de focos en los que se centra la investigación en la viña.

En el área enológica, la Sección trabaja fundamentalmente en dos aspectos: la microbiología, campo en el que destaca la caracterización de levaduras y bacterias y el estudio de otros microorganismos presentes en el vino; y la tecnología de vinificación, con el fin de mejorar los procesos de elaboración y crianza para conseguir una mayor calidad en los vinos de Rioja. El comportamiento enológico de las variedades minoritarias, sobre todo el Tempranillo blanco, es uno de los campos a los que se está prestando especial interés en los últimos años.

La Sección de Viticultura y Enología está integrada en el Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV), centro en el que participan el CSIC, la Universidad de La Rioja y el Gobierno de La Rioja.

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