El Gobierno de La Rioja participa en la toma de decisiones y la configuración de políticas europeas, defendiendo los intereses de los riojanos y riojana. Esta participación tiene lugar principalmente a través del Comité Europeo de las Regiones, y también en el Consejo de la Unión Europea. También participa en la supervisión de la correcta aplicación del Derecho de la Unión Europea, mediante la participación en Comités de la Comisión Europea, lo que se denomina "Comitología".

Son fundamentales para esta participación autonómica en asuntos europeos los acuerdos de la Conferencia de Asuntos Relacionados con la Unión EuropeaEste enlace se abrirá en una ventana nueva (CARUE), un mecanismo de cooperación entre el Estado y las Comunidades Autónomas que garantiza la participación de La Rioja y las demás Comunidades Autónomas tanto en la fase ascendente, de formación de la voluntad estatal ante la Unión Europea, como en la fase descendente. Estos acuerdos también llevaron a la creación de una Consejería de Asuntos Autonómicos en la Representación Permanente de España ante la UE. Así como en la CARUE y en su órgano de apoyo, la Comisión de Coordinadores, La Rioja participa en las Conferencias sectoriales entre Estado y Comunidades Autónomas.

Además, desde 1996 el Gobierno de La Rioja cuenta con una oficina en Bruselas, que se encarga de la defensa y promoción de los intereses riojanos ante las instituciones comunitarias.